Cũng như việc giáo dục, trong khoa cử, Quang Trung chấn chỉnh lại những tiêu cực thi cử cuối thời Lê – Trịnh (muốn dự thi Hương chỉ cần nộp 3 quan tiền là được dự thi không cần qua sát hạch; việc trông thi thả lỏng cho quay cóp bài và thi hộ...[7]).

Đồng thời, Quang Trung chính thức đưa chữ Nôm vào khoa cử. Đó là lần đầu tiên trong lịch sử Việt Nam, chữ Nôm được chính thức đưa vào khoa cử[4]. Quang Trung ra quy định trong các kỳ thi, đề thi phải được ra bằng chữ Nôm và đến kỳ tam trường, thí sinh phải làm thơ phú bằng chữ Nôm<[4].

Năm 1789, Quang Trung cho mở khoa thi Hương đầu tiên tại Nghệ An. Nguyễn Thiếp được cử làm Đề điệu trường thi kiêm Chánh chủ khảo. Những người thi Hương đỗ được gọi là Tú tài; hạng ưu được sung vào trường Quốc học, hạng thứ bổ vào Trường Phủ học. Để hạn chế và xóa bỏ hậu quả của chế độ thi cử không thực chất của thời Lê Mạt, Quang Trung ra quy định "các nho sinh và sinh đồ cũ phải đợi đến kỳ thi, nếu thi được hạng ưu mới được tuyển, hạng kém bị bãi về trường học xã"[5]. Đặc biệt với những "sinh đồ 3 quan" của triều Lê – Trịnh, ông hạ lệnh bãi miễn không sử dụng và bắt làm dân thường.